Interaction of DNA and proteins on a nuclear membrane.
17.11(November).2017 Burtyka M.V.
http://metric-burtyka.blogspot.com/
Interaction of DNA
and amino acid on a nuclear membrane: boundary conditions.
A simple alphabetic listing of the sequence of heterocycles (nitrogenous
bases) in the DNA helix is not very informative. Deoxyribonucleic acid is not
only a macromolecule, but also a structure - a linear molecular lattice. What
properties of the grid affect the stability of information storage and
transmission?
The proposed study first examines the structure of
nucleotides, and then the physical interaction of nitrogenous bases. The
structure of Burtyka nucleotides (Fig. 1) on the basis of BSP forces us to abandon the generally accepted principle of complementarity, to allow another
pairing of heterocycles: A = G and C≡T and different from the hydrogen bond.
The main thing in this approach
is the introduction of a natural metric with the 4th basis in the linear molecular lattice of DNA.
The chain from the sequence Burtyka-nucleotid polyhedrons (fig.2) bears the
sequence of natural subspaces of nitrogenous bases filled with chemical
elements (fig.3). 
The metric basis of each base (heterocycle)
[C, T, A, G] can be compared with its chemical analogue-portrait: Cyt = [0, C,
N, N], ... Four bases form a matrix 4 * 4, which can be called : a portrait of DNA. It can be assumed that three
lines of 4, taken in the order of the amino acid encoding, will constitute the
portrait of the latter. And what's more, from this portrait of an amino acid
you can get the chemical composition of its radical?
On the other side of the nuclear
membrane, a synthesis of amino acids is
assumed, each of which is characterized by a metric code. The metric
code displays a set of the simplest
molecules (such as C_C, N_C_O, ...)
constituting the amino acid radical.
How to link a set of protozoa from a
radical with a portrait on DNA separated by a nuclear membrane?
It turns out that a set of reference points (for
the simplest molecules) of each radical can be endowed with a proper coding
matrix of dimension 3 * 4. Such a matrix, filled with chemical elements of the
amino acid radical, is the skeleton of the amino acid. This skeleton can be
selected (on the basis of triple bases of DNA) as 4 points with the desired chemical filling. The
skeleton, filled in this way, will be a portrait of the amino acid on the DNA,
but it may contain excess chemical elements.
The requirement of equal chemical
composition of the portrait and skeleton on the nuclear membrane is the
boundary condition for the interaction of DNA and amino acids. Only a specific
order of heterocycles in the triplets of nucleotides will satisfy this boundary
condition.
17.11(November).2017
Interaction of DNA and proteins on a nuclear membrane.
Table of contents1. The Burtyka family of polyhedra........................... ............. 2
1.1 Hexadecimal (Burtyka sixteen polyhedron ) ..................... 3
1.2 BSP surface metric. .......................................................... 4
1.3 Connection of bases. ........................................................ 6
1.4 A direct global basis (PHB). .............................. .............. 8
1.5 From local to direct global. ............................................. 12
1.6 F-interaction of BSP. ..................................................... .. 13
1.7. S-interaction of BSP............................ ........................ .. 17
1.8 Structure of the BSP. Burtyka S-dodecahedron............ .. 18
1.9 Burtyka twenty-faceted polyhedron. ............ .................. 22
1.10 Burtyka E-dodecahedron. .................... ...................... .. 25
1.11 Volumes of BSP and BEP. .............................................. 31
2. Coding of heterocycles in the DNA chain.................... ...... 33
2.1. Heterocycles on BSP: Burtyka-nucleotides. ................ ... 33
2.2 Interaction Burtyka nucleotide-polyhedra. ...................... 36
2.3 Coding of heterocycles. ............................................... .. 38
3. Interaction of proteins and DNA on
the nuclear membrane .................................................. .. 39
3.1 Variants of the encoding of heterocycles. .............. ........ 40
3.2 Binary codes of reference points in radicals Ak. ............ 42
3.3 Portraits of amino acids .................................................. 43
The conclusion.......................................................................46
Шестнадцатигранник от Буртыка М.В.
- это трижды усеченная по углам правильная треугольная пирамида, состоящая из 16 граней (12 полуправильных пятиугольников и 4-х полуправильных шестиугольников, размещенных на гранях исходной пирамиды).
Специфичность усечения позволяет наделить его и собственным именем: Burtyka sixteen polyhedron (BSP). Основная характеристика такого шестнадцатигранника
- равенство вершинных углов 5-и угольников 109.47 \0 .
Поверхность такого многогранника характеризуется метрикой натурального 4-е базиса. Особенность усечения пирамиды сводится к ортогональности сторон шестиугольных граней и единичных векторов глобального 4-е базиса, размещенного в ее центре.Список
1.История
2.Основные факты
3.Метрика поверхности BSP.
4.Связь базисов.
5.Заключение.
1.История.
Методом усечения получается огромное количество многогранников. Основная задача сводится к нахождению интересных экземпляров с практической и научной стороны. В этом отношении BSP , на ряду c BEP, – уникальный многогранник по своим свойствам. Совместно эти многогранники лежат в основе биометрии – метрики внутриклеточного пространства.
BSP отличается от BEP реперной плоскостью, которая является 5-и угольником. Обозначая ее буквой F, конструкцию
из шести таких плоскостей называю звездой- F*. Специфика усечения пирамиды определяет величины сторон и углов F- плоскостей.
2. Основные факты.
1.Длина стороны исходной пирамиды, содержащей BSP: а=6.67.
2. Высота BSP – расстояние от одной из граней до центра противолежащего
локального базиса: H BSP =3.139.
3. Расстояние от одной из граней до центра
глобального базиса (он же центр BSP): h=1.33.
4. Наибольший поперечный размер BSP: 2R=3.5 – диаметр описанной сферы.
5. Высота F, радиус вписанной сферы, r=1.57.
3. Метрика поверхности BSP.
В 4-е базисе координата точки определяется ее косоугольными координатами в конкретном секторе: тремя числами, четвертое число всегда – нуль. При сложении таких координат, в основном, все четыре значения получаются отличными от нуля.
Операцией приведения все значения сокращаются на наименьшее число: [2,3,1,4]=[1,2,0,3]. В случае с BSP локальный базис размещается в точке обратного единичного вектора глобального базиса, что определяет отличие в величинах и названиях точекповерхности по отношению к BEP.
Антисимметричное положение локальных базисов по отношению к глобальному базису задается метрическими константами BSP: x=0.7142 – определяется из равенства 13-20=3-20, X’=1.143 – из ортогональности (13-2)*T=0, X”=1.809 – из равенства 3-1=1.
4. Связь базисов.
Для вычисления на поверхности и в объеме BSP понятных геометрических величин (расстояние, площадь, угол,...) необходимо произвести преобразование координат точки 4-е базиса к декартовым координатам. Единичные вектора ортогонального базиса, помещенного в центр BSP, будут направлены в центры ребер, соединяющих F*. М атричное преобразование 4-е координат в декартовые координаты имеет
стандартный вид и запишется: {x }=q [a /3,4 ] {x' /4 }. Обратное преобразование имеет вид: {x'/4}=e [b/ 4,3 ]{x}. Здесь q=1/ 3, e=( 3)/4.
Диагонали граней BSP имеют значения: 13-14=1.632, 2-23=1.864, 1-20=0-20=1.672, 2-20 = 1.714, 2-3=1.633.
5.Заключение.
Главная особенность BSP заключается в том, что при всей его простоте и очевидности он приводится впервые в литературе на этих страницах – рождение нового многогранника.
